全剧采用了1997年、1998年和2016年三条时间线,从1997年风华正茂的年代讲起,彼时王响(范伟饰)是意气风发的桦钢火车司机,龚彪(秦昊饰)是刚刚分到桦钢厂办的大学生,马德胜(陈明昊饰)还是英姿飒爽的刑警队长。当时间线转至18年后,王响失去妻儿、困于悬案,马德胜在老年舞里寻找存在感,而龚彪早已大腹便便,成了一个油腻的中年人。18年前的凶案如何改变了一群人的人生,随着倒叙的时间线展开,得以娓娓道来。而从《秘密入侵》前两集的剧情看起来,这样的安排也确实就像《冷战谍魂》这类作品,让主角就算历经自己与战友的种种牺牲,知道自己有可能成为弃卒的情况下,却也只能拖着脚步,抱持对世界或自身的种种质疑或愤慨继续颠簸前行,就这么为漫威电影宇宙带来了一种更加冷冽、无奈,甚至是略带哀愁的谍报风格。